锰以二价离子态（Mn2+）被植物吸收。在植物体内锰有两种别 式：一是以 Mn2+形态进行运输：二是以结合态，锰与蛋白质结合， 存在于酶及生物膜上。锰在植物体内再利用的程度较差，因此缺锰状态首先发生在幼叶。钙、镁、铁、锌等阳离子都影响植物对锰的吸收和运转。反之，锰也会妨碍植物对这些阳离子的吸收。锰有价态变 化，在植物体内积极参与代谢中的氧化还原过程。锰是许多酶的活化剂，并且通过这种作用间接参与各种代谢过程。
1.锰直接参与光合作用
锰参与光合作用中水的裂解和放氧（O2）系统。因此，植物缺 锰首先影响光合作用和放氧过程。锰有维持叶绿体膜正常结构的作用。在叶绿体的基粒片层（类囊体）中，锰以键桥的形式固定在双层膜的内膜上。植物缺锰时，叶绿体结构受到显著损害，叶绿素含量减少，致使光合作用不能正常进行。
2.锰是多种酶的活化剂
最近的研究表明，锰是 30 多种酶的活化剂和3 种酶的组成成分。所以锰与呼吸作用、 糖类的转化和生长素的合成、降解等都有密切关系。
3.锰调节氧化还原作用
在植物体内锰有价数变化，即 Mn2+和 Mn4+相互转化。与铁互相配合，共同调节植物体内的氧化还原电位和氧化还原过程。当锰呈Mn4+时。它可使植物体内 Fe2+氧化为Fe3+还原为Fe2+，减少植物体内有效铁的含量。所以植物体内要有一定的 Mn/Fe含量比。
4.锰参与氮代谢
在氮代谢过程中，锰是亚硝酸还原酶和羟胺还原酶的组成部分， 因而参与植物对硝酸的还原和同化作用，缺锰时植物体内常有硝态氮 积累。锰亦是谷氨酰胺转移酶、核糖核酸聚合酶、精氨酸酶、脯氨酸肽酶等许多酶的活化剂。所以，锰既能促进氨基酸合成肽键，有利于 蛋白质的合成，也能促使肽键水解而形成氨基酸，然后输送到新生组织再合成蛋白质。
此外，锰对种子萌发、幼苗生长、花粉管的发育、幼龄果树提早结果、维生素C的形成以及增强植物茎的机械强度等均起一定的作用。